A comienzos de la década del 60 nuestro país era un desierto matemático y quien tuviera la descabellada idea de dedicarse a la matemática, como ciencia o arte, no tenía otra opción que ingresar al Instituto Pedagógico o a la Escuela de Ingeniería. Fue entonces aquella una etapa de clandestinidad, en cuanto a la formación de matemáticos. Esta característica siguió vigente al momento de la creación de la Escuela de Física de la Universidad de Chile, en el seno de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas.
A esa Escuela de Física ingresaron en 1962 quienes habrían de ser los primeros matemáticos egresados ulteriormente de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile, como Licenciados en Ciencias, Mención Matemáticas, a saber: Jorge Soto Andrade y Julio Vidaurrázaga Vodanovic.
En 1964 se creó el Instituto de Ciencias, albergado en Beaucheff, unos años después, en 1965, este Departamento de Matemáticas pasó a formar parte de la Facultad de Ciencias, que reemplazó al Instituto de Ciencias.
En las décadas siguientes el Departamento debió absorber al Departamento de Matemáticas del antiguo Instituto Pedagógico, y más tarde soportar la fusión de la Facultad de Ciencias con la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, que luego tomó varios años deshacer…
El fin de esta etapa está marcado por un hito crucial: la realización en Chile del primer trabajo de investigación de un alumno de Magíster del Departamento, publicado internacionalmente. Se trata de la construcción de un nuevo plano proyectivo, realizada por Raúl Figueroa, bajo la dirección de Oscar Barriga y Rolando Pomareda. Este plano es conocido en la literatura matemática internacional al día de hoy como “Figueroa’s plane”.
Una característica de esta etapa inicial de los Magíster en Matemáticas otorgados por el Departamento, es que el nivel de sus tesis era comparable al de una tesis de Doctorado de una buena universidad en el mundo, y desde ya constituían trabajos internacionalmente publicables en una revista honorable. Incluso, hubo casos de Tesis de Magíster publicadas 10 o 15 años después en revistas reputadas. El nivel excesivamente alto de estos Magíster se adecuó ulteriormente, cuando entró en funciones el programa de Doctorado en Ciencias, Mención Matemática, en el Departamento, cuyo primer Doctorado fue Roberto Aravire en 1989. Actualmente, ambos programas se encuentran acreditados y han logrado prestigio internacional.
El Departamento de Matemáticas de la Facultad de Ciencias cubre todos los cursos de Matemática de la Facultad: de las Licenciaturas en Matemática, en Física, en Biología, en Química, de las Carreras de Ingeniería en Biotecnología Molecular, Química Ambiental y Ciencias Ambientales y la Licenciatura en Ciencias Exactas conducente al título de Profesor de Matemáticas y Física.
En el año 2005, se abrió la Licenciatura en Ciencias Exactas, conducente al título de Profesor de Educación Media en Matemáticas y Física debido a la alta necesidad de mejorar la educación secundaria de nuestro país entregando docentes con un alto nivel de preparación.
Este es un programa interfacultades y a fines del año 2009 egresaron los primeros licenciados, los que continuaron sus estudios en la Facultad de Filosofía y Humanidades para la obtención de su título profesional y así incorporarse en los diferentes centros educativos de nuestro país.